修道院は岩が硬く削れないために頂上に教会を建て、不安定な建物を下に部屋を作ることで安定させた構造になっています。見学コースは、まず最上層の広場まで歩き、建物内部に入ってから徐々に下りていくこととなります。

　修道院入り口の門をくぐったところにある小さなスペースが哨戒の間といわれ、修道院内の見学はしない人も無料でここまでは入ることができます。チケット購入後奥にあるカウンターでチケットを提示し、いよいよ修道院内に入場します。

　まず現れるのは大階段と呼ばれる非常に急な階段。大階段の右側には教会が、左側には歴代の修道院長の住まいとして使われていた修道僧の居住棟があり、これらを見上げながらゆっくりと進んで行きます。

　

 　頂上にたどりついて目に入るのは水道の蛇口。蛇口にはユリと帆立貝の紋章が彫られ、ユリはフランス王家を帆立貝は巡礼者を現しているのだそうです。貴重な水を確保するために大きな貯水槽が３つも用意されています。 

　頂上に立つモン・サン・ミッシェル修道院付属教会、もともとロマネスク様式だった祭壇は1421年に崩壊されてしまい、現在建っている教会は100年戦争後に再建されたフランボアイヤン式ゴシック様式のものです。

　

　西のテラスはモン・サン・ミッシェル修道院付属教会が建てられた当初の教会の前庭と、１８世紀の火災で焼失した身廊全部３列とで構成されています。西はブルターニュ地方のカンカルの岩山から、東はノルマンディ地方の断崖まで、南は陸地側にはモン・ドルの２つの花崗岩の岩山、北はサン・マロ湾に浮かぶトンブレーヌの小島などを見渡すことができます。

　周囲は遠浅の干潟が続きます。この状態では大型船は近づくことが出来ず、英仏戦争の時はこの干潟が城壁よりも強力な防御壁になったと言われています。

　テラスの石畳には落書きかと思うような文字が残されています。加工した人のサインだそうで、給料は歩合制だったらしいです。

　寺院の内部には緑の中庭があり、その周りを細かい装飾を施した列柱が並ぶ回廊が囲んでいます。柱には重量を軽減するために木材が用いられ、規則正しく２列に並べられていますが、よく見るとわずかにずれた形で組まれています。そのため常に変化する視覚効果が作り出され、かつて修道士が厳しい修業の合間に安らぎの空間として利用され、「驚異中の驚異」といわれる美しさの理由がうかがわれます。ただ、植物が植わっている下にある部屋は湿気が多く、維持管理は大変だったようです。 

　回廊は他の建物につながる通路の役目も果たし、教会、合同の食事室、厨房、共同寝室、古文書保管室、階段などにつながっています。

　合同の食事室は修道僧たちが黙って食事を取っていた場所で、南側の壁には説教壇があり、食事の間には修道僧の一人が読唱していたといわれています。

　合同の食事室の真下に位置する迎賓の間は、かつて修道院長が王や貴族など身分の高い客を迎えるために使われた部屋で、高い天井や美しいアーチ型の柱が特徴です。壁にはレリーフがありますが、このレリーフは７０８年に オベール司教が大天使ミッシェルからこの地に聖堂を建てるようにとのお告げを聴いている場面です。

　迎賓の間を抜けるとサンテティエンヌ礼拝堂に入ります。付属教会の下に造られ、教会を支えるための太い柱が特徴です。部屋は全体的に暗いのですが、一部光が差している部分もあり、とても幻想的な雰囲気があります。採光のため円形に削られた天井の先は教会の床の部分です。

　もう一つの聖マルタン礼拝堂は厚い壁で教会を支え、円形の天井は9ｍもの高さがあります。医務室と修道僧の納骨堂の間に位置するチャペルにはピエタが飾られています。

　名前のない部屋の一部でライトアップされている部分は岩がそのまま壁として利用されており、モン・サン・ミッシェルのパワースポットの１つとなっています。

　聖マルタン礼拝堂を進むと、巨大な木製の車輪が現れます。ホイルの中に数名の奴隷が入り歩くことによりホイルをまわし、梃子の原理で重量物を巻き上げるといういわば「人力クレーン」です。この仕事をすれば食事の量が倍になるというご褒美があったそうで立候補する人も多かった・・・とか。

　修道士が書物を読み書きしたり した場所が騎士の間で、大きな暖炉があり、明り取りの窓も大きくなっています。